軟體名稱：生物分子序列分析套裝軟體及資料庫集－GCG

國家高速網路與計算中心

http://www.nchc.org.tw/

軟體簡介

        GCG (Genetics Computer Group)是生物資訊界最廣為人知的分子序列分析軟體套裝。最初是在美國威斯康辛大學麥迪遜校區(University of Wisconsin-Madison)內發展，最後脫離出來成為一家公司，其間曾經是Oxford Molecular的分支機構，在2000年又由Pharmacopeia所併購。

GCG套裝包括了超過130個分析程式，可以分成Sequence Comparison、Database Searching and Retrieval、DNA/RNA Secondary Structure Prediction、Editing and Publication、Evolutionary Analysis、Fragment Assembly、Gene Finding and Pattern Recognition、Importing and Exporting、Mapping、Primer Selection、Protein Analysis、Translation等功能。除了分析程式外，GCG同時也提供多種生物資料庫，例如：核苷酸相關的GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、EMBL (http://www.ebi.ac.uk/) ，蛋白質相關的SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/)、PIR (http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/)、SP-TrEMBL (http://www.expasy.ch/sprot/) 等資料庫。使用者可以輸入自己實驗的分子序列，或是從這些資料庫取得分子序列，再利用GCG套裝分析軟體分析這些序列。

        執行GCG套裝分析軟體可以使用下列二種方式：１）傳統的文字指令（text command）模式，使用者需要熟悉程式指令執行程式。２）1998年起GCG推出經由網路瀏覽器Netscape、Internet Explorer的界面SeqWeb，透過這種方法，使用者上網後可以很容易使用這些分析軟體，不需要特別學習UNIX作業系統及安裝特殊的輔助軟體。雖然文字指令模式需要學習一些技巧，但是對於使用GCG的專家而言，這反而是最快的方法，因為可以將好幾個指令串起來，進些批次包裹執行。　　

安裝與使用資訊

可使用之平台

　　　 saturn (SGI/O200, Internet Address: saturn.nchc.gov.tw)

安裝目錄

　　 　/GCG/gcg

執行前環境設定

使用者經由網際網路連線的方法使用GCG套裝分析軟體及資料庫。

網站位置為

軟體名稱：細胞結構生物顯微影像分析軟體－IMARIS

軟體簡介

        IMARIS 軟體及其模組是一套分析生物細胞、器官、組織的顯微影像分析軟體，處理和分析光學顯微鏡所得到的顯微影像，例如可以分析神經細胞成長、神經系統連結的情形，進行神經發生學的研究。腦神經發展的研究，將有助於我們瞭解學習、記憶等重要的腦部功能。也可以進行胞器的重組，建構三度空間的立體結構，大範圍的影像建立，甚至可能建立大腦的結構─虛擬大腦 (virtual brain)，在裡面進行虛擬航行 (navigation)。應用在病理組織切片上，可以判斷腫瘤的大小及形態，進行醫療診斷。

        在學術界適用於神經生物學、細胞生物學、發生學、分子生物技術、醫學影像、生理學各學門，配合虛擬實境 (Virtual Reality) 進行解剖學教學等需求。在醫學應用上，可以幫助臨床醫學診斷，分析腫瘤的形態及大小。生物技術產業上，可以進行生物晶片結果分析，例如 DNA 晶片結果的螢光花樣 (pattern) 辨認，可以做為刑事或血緣 DNA 的判定、個人的識別、新藥的開發、感染性疾病的診斷等用途。

安裝與使用資訊

可使用之平台

　　　 sufi (SGI/Octane, Internet Address: sufi.nchc.gov.tw)

安裝目錄

　　 　/usr/sbin/imaris3

執行前環境設定

（１）Unix工作站連線

xhost +telnet sufi.nchc.gov.tw

輸入帳號及密碼，進入主機後再執行下述的指令

setenv DISPLAY 你的電腦的IP:0.0 ------(主機螢幕反映到你的電腦螢幕)

toolchest & ------ (開啟按鈕表單)

表單出現後，打開Find之下的Bitplane就可以看到IMARIS等軟體模組，連點兩二下就可以執行imaris3了。Huygens2在Find之下的Aplications表單內。

（２）個人電腦連線

你的電腦需要安裝支援OpenGL語言的X視窗模擬軟體，例如Exceed。

Exceed的設定有二種方式：

(I) 按tools Þ Client Startup Þ New 開啟視窗後設定如下：

　　　　　 Start Method : REXEC (TCP/IP)

　　　　　 Program type : Xwindow

　　　　　 Login 視窗內填寫帳號及密碼

　　　　　 Host : sufi.nchc.gov.tw

　　　　　 Host type : SGI IRIX

　　　　　 Command : xterm –display 你的電腦的IP:0.0

設定完成後，按Run!

(II) 按tools Þ Configuration Þ Communication 開啟視窗後設定如下：

　　　　　 Mode : 選擇XDMCP-query ，

之後按右邊的Configuration 按鈕，設定

　　 Host : sufi.nchc.gov.tw

　　 Display : HCLpcXserver

　 設定完成後，開機可以得到如同你在 SGI工作站前面所見到相同的畫面，之後的工作就好像你是坐在 sufi主機前工作一樣。

參考資料︰