若马英九与福田康夫藉由此次事件直接创建沟通管道甚至双方政府最高层的热线，对台日关系未来的发展，具有重大意义。

据消息源，日本方面主动提出愿意道歉的建议后，马英九和福田康夫经由函电等直接沟通，获取共识后，再通过双方不同管道共同努力，敲定日方道歉的作法，我方也对此方式表示可以接受。

马英九两年前访问日本时，就见过时任日本参议员的福田康夫，马当时向福田康夫表示，未来台湾和中国的关系应优化；福田非常赞成马的看法。

总统府昨发表声明，肯定日方的作为，感受日方的善意，同时感谢交流协会池田代表的努力，希望藉此能够略微抚平何船长的不安心情，并也能对我国人的关怀心意有所回应。